提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
【新思想引领新征程】中国经济开局稳气象新******
央视网消息(新闻联播):习近平总书记指出,2023年,要坚持稳字当头、稳中求进,更好统筹国内国际两个大局,更好统筹疫情防控和经济社会发展,更好统筹发展和安全,全面深化改革开放,努力实现经济运行整体好转,推动人民生活持续改善。新年头一个月,多项经济先行指标回暖,生产消费供需两旺,中国经济持续回稳向好。
新春年味未消,一系列经济指标已经火热出炉。1月份中国制造业采购经理指数PMI为50.1%,环比上升3.1个百分点,在三个月后重新回到扩张区间。
2022年12月,习近平总书记在中央经济工作会议上发表重要讲话,为中国经济发展指明方向。会议指出,我国经济韧性强、潜力大、活力足,各项政策效果持续显现,2023年经济运行有望总体回升。
国家信息中心的大数据分析发现,全国100个有代表性的科技孵化器周边平均人流量,今年1月比去年12月增长了17.6%,比2022年同期增长了8.5%,表明众多科创型企业已出现明显回暖势头。
项目中标量数据对普通人来说可能略显陌生,但却直接反映企业投资冷暖。监测显示,1月份全国项目中标数量同比增速达到32.2%,中部地区增速最高,达到45.7%。
新年新作为,新年新气象。
向实,实体经济发展势头更稳,后劲更足。农业春耕备耕播种希望,提升全年粮食稳定供应能力。工业订单充足,人机繁忙。今年1月,制造业21个行业中有18个景气度较上月上升,高技术制造业、装备制造业投资增速迅猛,服务业加速向中高端不断升级。
向新,发展动力加快转向创新驱动,新技术、新业态、新模式蓬勃发展,成为经济新的增长点。1月以来,重点城市传统商圈融合主题活动、体验式消费等新模式,客流量整体增长20%以上,线下消费持续复苏,新落地的重大项目更多聚焦智能制造、新能源、数字经济等新兴产业。
推进高水平对外开放,中国更加吸引全球资本目光。记者近日走访德国商会,看到最新编制完成的《德国企业信心调查报告》中,七成以上的会员企业对于中国经济增长充满信心,电子、汽车、化工等高技术产业成为德资企业扩大投资的热门之选。
中国经济加快恢复也为世界经济注入更强信心。联合国、国际货币基金组织等多家国际机构相继调高中国经济增长预期。
今天的中国,充满生机与活力。新的一年,尽管国际环境风高浪急,但中国经济长期向好的基本面依然不变,只要笃定信心、团结奋斗,就一定能实现稳中有进、高质量发展的既定目标。(央视网)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |